Vatten är miljöprogrammets andra fokusområde, och ett naturligt sådant eftersom Gotlands vattensituation är både speciell och känslig. Fokusområdet utgår från inte mindre än sex nationella miljömål.
De ofta tunna jordlagren och den sprickrika berggrunden gör att föroreningar i ytvattnet snabbt kan nå grundvattnet och göra stor skada. Det medför att det krävs särskilt beaktande vid vattenuttag och val av avloppslösningar.
Öns tidigare omfattande våtmarker är till stor del utdikade och vattenavledningen sker snabbt till Östersjön. Uttransporten av näringsämnen till havet från vissa av öns jordbruksmarker är därför omfattande. Antalet enskilda avlopp och enskilda dricksvattentäkter som inte håller godtagbar standard var länge oroväckande stort, men de senaste åren har åtgärdsprojektet Klart Vatten lett till att tusentals dåliga avlopp åtgärdats.
Nödvändigheten av att bevara en levande Östersjö är uppenbar för alla. Att misslyckas skulle medföra ödesdigra konsekvenser för dagens liv och verksamheter på Gotland och i hela Östersjöområdet.
Regionens miljömål för vatten i Vision 2025 är helt i linje med de nationella miljökvalitetsmål som finns för vatten och hav. EU:s vattendirektiv och havsmiljödirektiv är implementerade i svensk lag och bidrar till att nå miljökvalitetsmålen Giftfri miljö och Ett rikt växt- och djurliv.