De vanligaste organen som undersöks är matstrupe, magsäck och tolvfingertarm, och då används gastroskop och vid undersökning av grovtarmen används koloskop.
Regelbundet undersöks också luftrör och lungor med bronkoskop, och gallvägar med duodenoskop.
Olika typer av läkemedel ges för att undvika obehag för patienten i samband med undersökningen.
Utöver olika typer av undersökningar finns också en mottagningsverksamhet för patienter med inflammatoriska tarmsjukdomar (ulcerös kolit, Crohns sjukdom, mikroskopisk kolit, glutenintolerans etc) samt kroniska leversjukdomar.